Pesquisadores externos podem encaminhar propostas de pesquisa ao Instituto Mamirauá. O primeiro passo é o envio de uma mensagem eletrônica à Coordenação de Pesquisa (coord.pesq@mamiraua.org.br) com um projeto sucinto. Escreva o problema a ser investigado contendo: introdução, justificativa, objetivos, metodologia, equipe de pesquisa, resultados esperados, cronogramas, custos, financiadores e apoio almejado do Instituto Mamirauá.Este projeto de pesquisa resumido será submetido à apreciação técnico-científica. Caso não existam especialistas nos grupos de pesquisa da instituição, consultores ad hoc serão convidados a apreciar a proposta. É importante salientar que o Instituto Mamirauá não é um órgão de fomento, e consequentemente não dispõe de recursos para implementação de pesquisas por demanda espontânea; o apoio, aqui mencionado, restringe-se ao uso de bases de campo, embarcações, espaço de escritório ou recursos computacionais, biblioteca e laboratórios.

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O projeto será analisado à luz da estratégia de pesquisa e da missão do Instituto Mamirauá, pela Diretoria Técnico-Científica, em consulta com a Coordenação de Pesquisa e grupo específico de pesquisa para o qual o projeto proposto melhor se enquadra. Os critérios utilizados incluirão: aderência à missão do Instituto Mamirauá; potencial de gerar informações úteis ao manejo dos recursos naturais; originalidade; e não sobreposição do projeto proposto com outro(s) em andamento ou já planejado(s) e proposto(s). O projeto será também avaliado pelo Comitê de Ética em Pesquisa do Instituto Mamirauá. O período de análise poderá variar, de acordo com a disponibilidade dos profissionais consultados, de forma que se sugere a submissão com no mínimo 3 meses antes do início pretendido.