O uso da fauna, por suas possíveis implicações na conservação das espécies, ainda encontra restrições legais no Brasil, desde a publicação da Lei nº 5.197/1967 (Lei de Proteção da Fauna). Entretanto, as comunidades tradicionais da Amazônia brasileira têm na exploração de animais silvestres uma de suas principais fontes de subsistência, sejam como fontes de alimentação, uso medicinal ou comércio para obtenção de renda. O manejo de base comunitária promove a participação das comunidades em sistemas produtivos sustentáveis, fornecendo renda aos manejadores associada à mudança em seus padrões tradicionais de exploração e gerenciamento da fauna, apoiando a conservação em locais onde a exploração tradicional ocorre historicamente. A Lei Federal nº 9.985/2000 (SNUC) é o arcabouço legal básico para implementação de sistemas de manejo de fauna no Brasil, pois permite o manejo de recursos naturais por comunidades tradicionais em algumas categorias de Unidades de Conservação. Porém, normas específicas de manejo por localidade e espécie ainda são raras no país.

O Programa de Manejo da Fauna, criado em 2021, desenvolve atividades técnico-científicas para viabilizar sistemas de manejo de espécies da fauna culturalmente exploradas na Amazônia, através da obtenção e análise de dados biológicos, ecológicos, sociais e econômicos. O programa atua na caracterização do histórico e cultura de exploração da fauna; avaliação de potencial de exploração das espécies silvestres;análise, desenvolvimento e implementação de sistemas produtivos da fauna; monitoramento do uso, demanda e características dos produtos gerados,e na discussão de políticas públicas aplicáveis aos diferentes contextos de uso de recursos da fauna Amazônica.

Inúmeras espécies da fauna silvestre são encontradas na Amazônia e são utilizadas pela população tradicional. A exploração da fauna tem bases legais de regulamentação, que vão desde determinação de multas aplicáveis a qualquer tipo de uso de certas espécies, até a apresentação de requisitos legais para sistemas de manejo com fins econômicos. Esse arcabouço legal determina as possibilidades nos diferentes contextos da relação ser humano-fauna silvestre, e por sua vez é também influenciado por este contexto. O PMF atua na caraterização deste arcabouço legal, notadamente o sistema legal, ambiental e sanitário, da Região Amazônica, contribuindo nas discussões, revisões e proposições normativas, com base nos conhecimentos teóricos e práticos obtidos ao longo dos anos de assessoria técnica no manejo e conservação comunitária na Região do Médio Solimões.

Jacarés são algumas das principais espécies exploradas na Amazônia, contando com um histórico de abates ilegais em larga escala em décadas passadas, que poderiam ter levado o jacaré-açu (Melanosuchus niger) e o jacaretinga (Caiman crocodilus) a extinção local, caso não houvesse criação de áreas protegidas e regulamentação do comércio internacional. O manejo comunitário da fauna silvestre é baseado na ideia de que o desenvolvimento e a conservação do ambiente podem ser atingidos simultaneamente, alcançando os objetivos de ambos. O manejo de base comunitária de jacarés é uma estratégia de conservação do ambiente que promove a participação das comunidades em sistemas produtivos sustentáveis, fornecendo renda aos manejadores associada à mudança em seus padrões tradicionais de exploração e gerenciamento do uso dos recursos. O PMF atua na estruturação e desenvolvimento do manejo comunitário de jacarés na região do Médio Solimões, com foco em dois setores da RDS Mamirauá. As atividades básicas nesta linha são:

1. Monitoramento de Ninhos de jacaré: por meio de visitas bimensais no período da seca, são localizados e monitorados os ninhos de jacarés. Esse monitoramento serve para definir as áreas de proteção nas ações de manejo, visto que onde há áreas com ninhos não se pode capturar jacarés, além de permitir estimar o número de fêmeas reprodutivas e o sucesso reprodutivo na localidade.
2. Levantamento populacional
3. Capacitação comunitária
4. Avaliação de infraestrutura e viabilidade econômica

A caça dos quelônios na Amazônia tem sido historicamente um meio de subsistência. No entanto, essa exploração intensificou-se ao longo dos tempos, passando de simples caça para alimentação, a uma coleta exagerada e ampla comercialização ilegal, tanto de indivíduos quanto de seus ovos. Com a diminuição das populações de P. expansa devido à captura de ovos e indivíduos adultos, houve um aumento na pressão colocada sobre as espécies menores, P. unifilis e P. sextuberculata, que estão sendo capturadas em grandes quantidades. Na perspectiva de desenvolver diferentes metodologias para a sua recuperação, em diversas partes do mundo têm se incorporado sistemas de base comunitária para monitoramento de quelônios, buscando associar a conservação das espécies alvo com a melhoria da qualidade de vida das populações tradicionais. O PMF atua por meio das :

1. Apoio à instituições de pesquisa, assessoria e gestão locais
2. Caracterização das áreas de conservação e manejo 
3. Capacitação comunitária
4. Avaliação de infraestrutura e de potencial de geração de renda